軽症の方は整腸剤と、抗炎症薬の1つである5－ASA製剤(ペンタサ、アサコール等）の内服、注腸、坐薬で治療を開始します。内服、注腸、坐薬は病変の部位により適切なものを選択します。
それが効かない例では白血球除去療法や副腎皮質ステロイド薬でおちつかせます。
重症の場合は入院で禁食、点滴を行い栄養の補給と腸管の安静を保つと同時に、上記薬剤に加えて免疫抑制薬、抗ＴＮＦ-α抗体薬が用いられますが、万が一、中毒性巨大結腸症、穿孔、狭窄などが起きた場合には外科的手術が行われます。
基本的には内服、点滴、注射の治療により、大腸の炎症がおちついた状態（寛解）の維持を目指します。
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